イギリスの全寮制パブリックスクールをモデルに創設された同校は、学習支援体制を整えた生徒寮「青雲寮」を併設し、全校生徒の3人に1人が入寮している。
青雲寮には、13時に出勤し、学校の午後の授業を担当した後、23時まで寮生の学習サポートを行う寮教諭が14名在籍。そのほかにも、北大医学部生や大学院生、札幌医大生、現役医師など20名以上の卒業生チューターがシフトを組み、毎日3~4名体制で巡回指導を行う。
また、成績の思わしくない生徒に対しては、30年以上のキャリアを持つ専属の家庭教師を中心に、5名の教員が個別指導を行い、基礎固めの徹底を図る。
さらに、寮では学校の教員による全学年対象の夜間講習を開講し、中学生は全員を対象に英・数・国の3教科を週3回指導。高校生は希望者を対象に、理・社を加えた5教科の夜間講習を実施し、外国人講師が担当する英語のワークショップも行われている。
青雲寮では、中1~高2までが2人部屋、高3は個室で生活する。寮での学習時間は、19時から21時、および21時30分から23時と定められており、寮教諭やチューターのサポートを受けながら個別ブースで自習したり、夜間講習を受けたりと、生徒は目的に合わせて効率よく学習を進めている。